以发展现代农业为目标，农业在结构调整中迅速发展。坚持山、水、田、林、路综合治理，农林牧副渔和乡镇企业一齐上，开放与开发相结合，充分发挥自然资源优势，依靠科技进步，认真组织实施“百村百吨粮食增产工程”、“水利工程”、“种子工程”、“林果工程”、“菜篮子工程”、“蓝色工程”、“乡镇企业工程”，全面提高农业综合生产能力，形成了以种植业、渔业和乡镇企业为三大支柱的多元化农业经济发展格局。1999年，全县农业总产值为27.5亿元，粮食总产量14.13万吨，水产品产量26.1万吨；建有粮食、果蔬、水产、花卉、畜牧等农副产品生产基地200多个；乡镇企业总产值228.9亿元，年产值超1亿元的乡镇企业有5 个，超5千万元的企业有17个，超1千万元的企业有161 个。惠安走马埭万亩农田是闽东南地区福厦路旁最大的耕地保护区，现已建设成为福建现代农业示范园区。